Najvyššiu prioritu po ošetrení kladieme na hygienické spracovanie všetkých použitých nástrojov ako sú nožnice, štipky, rotačné nástavce, exkavátor a i. Po každom použití nástroja sa ten následne čistí v ultrazvukovom čističi s pridaním dezinfekčných prostriedkov. Po tomto kúpeli sú všetky nástroje zbavené nečistôt a pripravené pre sterilizáciu v sterilizátore pri teplote 180 C počas 40 min. Tento proces sa viaže k Louis Pasteurovi ,ktorý v polovici 19 Storočia, zistili, že baktérie (ktoré spôsobujú ochorenia) môžu byť úplne zničené pomocou vysokého tepla. Bezchybné fungovanie tohto prístroja preveruje hygienický ústav raz za rok.